Un malaise grandissant
Septembre 2025. À l’issue de leur cérémonie d’ouverture des cours, plusieurs étudiants de la faculté de théologie de l’université de Lausanne (Unil) interpellent leur doyen : pourquoi Daniel Marguerat est-il présent dans la salle ? À la rentrée précédente, déjà, des élèves ont réclamé que les ouvrages de ce professeur honoraire de l’Unil, où il a enseigné le Nouveau Testament de 1984 à 2008, ne figurent plus dans leur programme. Mais leur demande a été rejetée, témoigne une source estudiantine, « au motif qu’il faut distinguer la personne du théologien ».
Depuis de nombreuses années, le nom de Daniel Marguerat embarrasse l’université de Lausanne et les Églises évangéliques réformées de Suisse romande (ce qui correspond, avec une grille de lecture française, au courant luthéro-réformé). En juillet 2024, le malaise devient presque intenable quand le principal quotidien suisse, Le Temps, révèle qu’« un professeur de la faculté de théologie de l’université de Lausanne, connu pour ses ouvrages de vulgarisation », aurait commis des « violences sexuelles » présumées à l’encontre d’étudiantes à l’époque où il était enseignant.
Le nom du théologien, présumé innocent, n’est pas mentionné, mais l’article se montre « assez clair pour que le professeur visé soit facilement reconnaissable », écrit la pasteure retraitée Jocelyne Muller, le 17 octobre 2025, dans un mail qui interpelle l’Église évangélique réformée du canton de Vaud (EERV), et qui circule en interne. C’est en effet dans cette institution religieuse que Daniel Marguerat, bien que non salarié, est reconnu comme pasteur. « Comme monsieur Marguerat intervenait dans plusieurs lieux d’Église, nous avons voulu le confronter aux accusations du “Temps” – accusations qu’il nie en bloc. Nous lui avons toutefois demandé de réfléchir à ses engagements publics, compte tenu de la campagne de presse dont il était l’objet », explique au Cri Philippe Leuba, le président du Conseil synodal, l’organe exécutif de l’EERV. « On ne m’a pas imposé de censure, nous précise Daniel Marguerat. Vu les rumeurs qui circulaient et pour éviter de m’exposer à ces risques humains, le Conseil synodal m’a demandé d’observer un devoir de discrétion dans les médias, ce qui ne touche ni à mon activité d’écrivain, ni à celle de conférencier. J’ai d’ailleurs continué à donner des conférences en Suisse ou en France. »
L’impact de cet article déborde pourtant des frontières helvétiques et se répercute sur la plume du théologien. En avril 2025, « les éditions du Seuil ont renoncé à faire paraître le livre de Daniel Marguerat, “L’Ange, souffle de l’invisible”, car les conditions d’une publication sereine n’étaient pas réunies », indique au Cri la maison d’édition qui a publié les deux best-sellers du théologien, Vie et destin de Jésus de Nazareth (2019) et Paul de Tarse, l’enfant terrible du christianisme (2023). Dans l’édition religieuse, ne pas publier un ouvrage de cet auteur à succès représente pourtant « un vrai manque à gagner », reconnaît une source proche du dossier. « Le Seuil n’a pas refusé de faire paraître mon livre, corrige Daniel Marguerat. Ils m’ont dit qu’ils ne pouvaient garantir aucun délai pour la publication, et que j’étais libre de le publier ailleurs. » C’est donc aux éditions Cabédita, une petite maison protestante suisse, que paraît l’ouvrage en août 2025.
Dans cet essai, un détail retient l’attention des deux journalistes de l’agence Protestinfo, qui ont signé l’enquête du Temps de juillet 2024. En page de garde, il est indiqué que la Société de Bible du canton de Vaud a apporté son soutien « à la réalisation de cet ouvrage et au développement de cette collection ». Or, ladite société est dirigée par Daniel Marguerat lui-même et dans son assemblée apparaît le nom de Laurence Bohnenblust-Pidoux, à la fois présidente de la Conférence des Églises réformées romandes (CER, l’association qui fédère les Églises cantonales) et vice-présidente de l’Église de Vaud. Ce constat suffit pour que les deux journalistes se lancent dans une enquête « sur les liens professionnels maintenus par l’Église évangélique réformée vaudoise avec un professeur de théologie de l’université de Lausanne, soupçonné d’abus sexuels dans les années 1990 », indique une alerte publiée sur la plate-forme du Conseil de l’Europe consacrée à la protection des journalistes, le 14 novembre dernier.
Car l’enquête de Protestinfo ne voit jamais le jour. « Le 2 octobre, après plusieurs échanges avec Laurence Bohnenblust-Pidoux, [les journalistes] ont été priés de “geler” leurs recherches. [Ils] ont été informés de leur licenciement un peu plus d’une semaine plus tard », relate la plate-forme. L’alerte sous-entend que c’est l’enquête qui a entraîné leur départ à l’amiable, mais Yves Bourquin, vice-président de la CER (qui finance et emploie les journalistes de Protestinfo), le répète au Cri : « Aucune faute professionnelle n’a été retenue à leur encontre. » Le pasteur explique, conformément au communiqué diffusé cet automne, que cette séparation est le résultat « d’une divergence persistante quant à la manière d’assurer la mission de Protestinfo dans son équilibre entre liberté éditoriale et responsabilité institutionnelle ».
Si la décision de départ à l’amiable est discutée au niveau de la CER, un évènement parallèle soulève des questions. Dans les locaux de Protestinfo, une source présente sur place affirme auprès du Cri avoir reconnu la voix de Daniel Marguerat le 7 octobre dernier dans le bureau du manager des deux journalistes, Paolo Mariani. Le même jour, les deux journalistes reçoivent leur convocation pour un rendez-vous qui consistera, la semaine suivante, en une présentation de leurs contrats de départ à l’amiable. Interrogé sur les rumeurs qui établissent un lien entre la visite du théologien et ces licenciements, Paolo Mariani prétend d’abord qu’il n’a « jamais rencontré Daniel Marguerat » avant le départ de ses journalistes, qu’il assure avoir « toujours défendus ». Pourtant, contacté à son tour, Daniel Marguerat confirme « avoir vu monsieur Mariani » ce jour-là. « Mais nous n’avons pas parlé des deux journalistes, précise-t-il. Nous avons parlé d’un autre sujet, et j’ai appris leur licenciement – qui m’a d’ailleurs paru assez adéquat – la semaine suivante, en lisant “Le Temps”. » Interrogé de nouveau, Paolo Mariani évoque à présent une erreur d’agenda. La coïncidence est peut-être malheureuse, mais elle révèle que Daniel Marguerat est une figure qui infuse les différentes institutions réformées.
Une commission d’enquête mandatée par la CER doit faire la lumière sur les conditions du départ des journalistes de Protestinfo et « déterminer si l’existence d’une presse libre est quelque chose de viable dans notre système ecclésial », nous informe Yves Bourquin. Ses conclusions sont attendues pour le mois de juin.
Des signalements négligés
Quoi qu’il en soit, le licenciement des journalistes de Protestinfo ravive un serpent de mer qui commence à faire frémir les eaux des Églises romandes. Car l’évènement suscite une vague de soutien, matérialisée dans une lettre ouverte signée par une centaine de personnalités suisses, parmi lesquelles de nombreux membres de l’Église. Sur fond du départ des journalistes, ce texte publié le 26 novembre dernier dénonce « une affaire d’abus sexuel que le Conseil synodal de l’EERV s’est longtemps refusé à traiter et qu’il cherche par tous les moyens à étouffer ». Là encore, aucun nom n’est donné.
En réalité, que la formule employée par Le Temps en 2024 (« professeur de la faculté de théologie de l’université de Lausanne, connu pour ses ouvrages de vulgarisation ») désigne à mots à peine couverts Daniel Marguerat est un secret de polichinelle, comme a pu le constater Le Cri lors de nombreux entretiens menés dans la région de Lausanne. Alors que ce « secret » remonte péniblement à la surface des mémoires et des quelques archives disponibles, Le Cri, au cours de son enquête au bord du lac Léman, a pris connaissance d’au moins trois signalements qui auraient été effectués à l’université ou auprès de l’EERV ces trente dernières années.
Le premier remonterait à 1997. C’est une étudiante en théologie qui l’aurait déposé pour « violences sexuelles » auprès d’un service dédié de l’Unil, raconte Le Temps en 2024. L’élève en aurait ensuite informé le doyen de l’époque, Denis Müller. « Le doyen sortant m’a dit qu’une étudiante avait déposé une plainte contre Daniel et qu’il fallait que je gère ce dossier, confirme Pierre Gisel, le successeur de Denis Müller. Peu de temps avant, le rectorat, c’est-à-dire la présidence de l’université, avait constitué une commission ad hoc pour ce genre de choses. Donc je me suis dit que je n’allais pas m’en occuper. Bien longtemps après, j’ai compris qu’il y avait eu, sur cette période, une défection de l’équipe qui aurait dû traiter la plainte. » L’étudiante n’aurait jamais eu de retour sur son signalement.
Daniel Marguerat assure pourtant avoir eu un entretien avec une personne déléguée par le rectorat : « Elle m’a interrogé sur ce qui était l’objet de la plainte, à savoir des “gestes inappropriés”, mais pas du tout des “violences sexuelles” », insiste l’ancien professeur. Selon lui, ces gestes pouvaient être qualifiés d’« inappropriés » parce qu’ils étaient « considérés comme trop familiers entre un professeur et une étudiante ». « Mais la personne du rectorat a jugé qu’il n’y avait pas matière à poursuivre cette affaire », conclut Daniel Marguerat.
Le recteur de l’époque n’a pas souhaité répondre aux questions du Cri. Quant à l’université, qui dispose aujourd’hui d’une instance de soutien et de signalement et affirme « appliquer une politique de “tolérance zéro” face à toute forme de violence », une source interne nous confie avoir retrouvé, pour seule trace de cet évènement, « un document dans le dossier de l’étudiante qui indique, sans aucune explication, qu’elle a été dispensée de cours avec le professeur Marguerat ».
Quelques années plus tard, le mari de cette victime présumée, apprenant ce qui est arrivé à son épouse, aurait arrêté ses études de théologie et rompu par la même occasion le contrat qui l’engageait avec l’État de Vaud. Ce dernier accordait alors des bourses à ceux qui souhaitaient, grâce à des études de théologie raccourcies, se reconvertir dans le pastorat. Selon Le Temps, l’État aurait renoncé à être remboursé de 100 000 francs (soit plus de 108 000 euros aujourd’hui) afin que le mari de cette étudiante ne divulgue pas l’affaire. Au sein de l’Église vaudoise, un procès-verbal du Conseil synodal datant de 2001 mentionne des « motifs juridiques » à cette renonciation. Pour Daniel Marguerat, que celle-ci soit liée à des abus étouffés relève d’une « thèse complotiste ». La radiation des dettes pour les étudiants, explique-t-il, était « une pratique courante », que le service des bourses, assuré par l’État, mettait en œuvre pour des raisons « humanitaires », selon les revenus des diplômés à leur sortie de l’université.
Le second signalement serait apparu en 1999, sous la forme d’un dossier monté par des étudiants et « remis au décanat lors d’un conseil de faculté », témoigne l’élève délégué de l’époque. « Deux thèmes y étaient abordés : le harcèlement sexuel et une certaine désinvolture vis-à-vis des examens. » Concernant le premier élément, le dossier aurait mentionné « au moins trois personnes, dont un étudiant embrassé par Daniel Marguerat à l’occasion d’une convocation dans son bureau ». Sur ce dernier point, le théologien dénonce « une histoire abjecte » dont il n’aurait jamais été mis au courant. « Comment un doyen conscient de sa responsabilité aurait-il pu ne rien faire et ne pas même m’en parler ? » s’insurge-t-il. Contacté, le doyen de l’époque, Thomas Römer, n’a pas répondu à nos sollicitations. Le recteur arrivé en poste en 1999 affirme quant à lui n’avoir jamais entendu parler de ce dossier.
Un troisième signalement remonte à l’été 2012, quand une doctorante de Daniel Marguerat remet à Esther Gaillard, alors présidente du Conseil synodal de l’EERV, un dossier d’une trentaine de pages décrivant « des discriminations de toutes sortes, subies par une dizaine de femmes de la faculté de théologie ». Dans ce dossier qui concernait plus largement le fonctionnement de la faculté et que le devoir de confidentialité ne permet pas à Esther Gaillard de détailler, il est tout de même question de « comportements inappropriés » de la part de Daniel Marguerat. La même année, un responsable des ressources humaines alerte la présidente : « Plusieurs étudiantes, devenues pasteures stagiaires, se sont plaintes de l’attitude de leur ancien professeur. » Sur la base du premier rapport, Esher Gaillard réunit la conseillère d’État, ainsi que la vice-rectrice de l’Unil. « Nous nous sommes rencontrées deux fois puis, malgré mes nombreuses relances, le Conseil d’État n’a plus donné suite, et le dossier s’est enlisé », raconte Esther Gaillard, que Le Cri a retrouvée dans un café aux alentours de Lausanne. « J’ai voulu préparer ce dossier avant de pouvoir le présenter au Conseil synodal, mais faute de personnes d’accord pour témoigner, ce document est resté confidentiel », explique l’ancienne présidente qui, à la fin de son mandat en 2018, a transmis « physiquement ce dossier, qui n’était pas scanné, au Conseil suivant ».
Qu’ont bien pu devenir ces pages ? Le Conseil synodal actuel affirme n’avoir « ni reçu ni trouvé dans les archives de l’EERV un tel document, malgré des recherches approfondies et l’interpellation de tous les présidents précédents du Conseil synodal afin d’avoir connaissance d’éventuelles situations d’abus ». Quant à Daniel Marguerat, il assure « n’avoir jamais demandé de faveurs sexuelles, ni pour des notes ni dans le cadre d’un accompagnement de thèse » et qu’il s’agit de « calomnies ». « Comment le Conseil synodal aurait-il pu ne pas me convoquer à ce sujet à l’époque ? » souligne-t-il.
Selon l’article du Temps, le Conseil synodal aurait justement été de nouveau sollicité par mail en interne, en 2019 puis en 2020. « On ne pourra pas dire qu’on ne savait pas », se serait inquiété l’auteur d’un des courriels. Au sujet de ceux-ci, « le Conseil synodal de l’époque n’a été saisi que de rumeurs de faits relevant de l’université sans que le bien-fondé des accusations soit démontré, répond le président du Conseil actuel, Philippe Leuba. Nous nous permettons de rappeler que, ni au moment des faits allégués ni actuellement, monsieur Marguerat n’était salarié de l’EERV ou placé sous son autorité. »
La difficulté à démêler les nœuds de cette histoire et à prendre des mesures réside en partie dans la complexe identification des institutions responsables. « Dans cette affaire, tout le monde se dit qu’il n’a pas le bon bout pour agir », commente une observatrice. À l’époque des signalements, les institutions suisses sont particulièrement intriquées : les professeurs honoraires sont par exemple nommés par l’État de Vaud et les pasteurs ont un statut proche de la fonction publique jusqu’en 2007. « L’université, l’État et l’Église portent chacun une part de responsabilité. En définitive, on a une figure qui a circulé entre les trois institutions et qui en est devenue intouchable », analyse la même observatrice.
Un fait reste certain : Daniel Marguerat est aujourd’hui reconnu comme un pasteur de l’EERV. « Plusieurs Églises romandes ont demandé à l’Église vaudoise de poser une parole claire au sujet de Daniel Marguerat, parce qu’elles sont sollicitées par leurs paroisses, qui cherchent à savoir si elles peuvent inviter le professeur pour des cultes ou des débats théologiques, rapporte un responsable d’une Église romande. Peu importe son résultat, l’Église vaudoise pourrait mettre en place une enquête pour faire la pleine lumière et adopter une position claire. » Cependant, continue-t-il, « les Vaudois, peut-être en raison de l’aura du professeur Marguerat, n’ont pas encore osé mener une enquête pareille ». À cet égard, une ancienne responsable de l’Église du canton exprime son impuissance : « Tant que personne ne sort du bois, on ne peut rien faire ! » La parole des victimes présumées, en dehors des signalements directs et indirects évoqués ici, est loin d’être libérée. Mais le terrain est-il seulement propice pour la recueillir ?
Une difficile libération de la parole
« J’imagine que certaines victimes ne veulent pas en parler, parce qu’elles ont peur qu’on décrédibilise leurs études de théologie », juge une observatrice. Les abus présumés doivent en effet être replacés dans leur contexte académique, propice aux rapports de domination entre enseignant et « enseigné ». « Dans ce milieu universitaire, un professeur a par exemple tous les pouvoirs sur sa doctorante, car elle dépend complètement de lui pour terminer sa thèse. Des années plus tard, elle peut encore se sentir redevable envers son directeur », explique Gabriella Loser Friedli, membre du Groupe de soutien aux personnes abusées dans une relation d’autorité religieuse (Sapec) et fine connaisseuse du milieu académique en raison de ses années passées au secrétariat de la chaire de science des religions de l’université de Fribourg, de 1975 à 2016.
Indépendamment de la question du bien-fondé d’une prise de parole, celle-ci semble d’autant plus difficile lorsqu’elle vise une personnalité. À cet égard, la pasteure Jocelyne Muller rappelle que dans les années 1990, Daniel Marguerat « jouissait d’une immense réputation d’exégète et de prêcheur ». De même, selon un ancien élève, l’enseignement de Marguerat en Nouveau Testament « est incontournable » dans cette faculté de théologie qui compte « de toutes petites promotions, souvent moins d’une dizaine de personnes ». Or, « il y avait à la faculté tout un système où pour être bien avec certains enseignants, il fallait copiner », se souvient la philosophe Lytta Basset, qui était professeure de théologie pratique à Lausanne de 1998 à 2004.
Plusieurs anciens étudiants racontent qu’ils auraient été menacés de mise en échec par les notations de Daniel Marguerat. « On comprend donc que quand ce professeur menaçait une étudiante d’échec définitif ou à un examen quelconque, c’était crédible parce que tout le monde, dans cette faculté, savait qu’il était capable de couler des élèves », analyse Thierry Laus, assistant diplômé au début des années 1990. « Quand j’étais doyen, trois étudiantes m’ont demandé de ne plus passer d’examens avec Daniel Marguerat », affirme quant à lui Pierre Gisel. Interrogé sur de présumées « notations arbitraires », le théologien mis en cause dénonce des « mensonges absolus ». « Les notes étaient attribuées par un jury de trois personnes, se défend-il. Elles sont fixées sur un procès-verbal, qui est transmis au doyen, puis ce qu’on appelle le jury général entérine ce procès-verbal et ces notations. Il est donc techniquement et juridiquement impossible de manipuler des notes pour le professeur qui interroge. »
À l’époque, prendre la parole à l’université n’avait rien d’évident. Trente ans plus tard, les choses ne sont pas beaucoup plus simples dans l’Église. « En Suisse, le protestantisme réformé est un tout petit milieu où tout le monde se connaît et porte plusieurs casquettes », souligne une observatrice. En l’occurrence, Daniel Marguerat nous a expliqué avoir été tenu informé du contenu d’un courrier écrit par une victime présumée au Conseil synodal, quelque temps après la publication de l’article du Temps, en 2024.
Si ce n’est au cœur de l’Église, auprès de qui les victimes présumées pourraient-elles témoigner en toute confiance ? Dans le système suisse, chaque Église cantonale est responsable de la gestion des abus. L’EERV, l’une des plus importantes de Suisse romande en taille comme en ressources, a annoncé début 2026 vouloir remplacer le Groupe d’experts pour la prévention et la protection des abus (GREPPA), créé en 2021, par une nouvelle structure « aux objectifs plus ambitieux », la Fondation pour la prévention, la protection et la lutte contre les abus (FPPLA). Spécialiste en droit pénal, Jean-François Meylan, son premier président, insiste sur le caractère indépendant de la fondation et souligne la création, en parallèle d’une cellule d’écoute, d’une cellule d’instruction qui aura la possibilité « de faire des recommandations concrètes au Conseil synodal ».
Une fois la plate-forme opérationnelle, « toute victime d’abus pourra contacter directement la FPPLA, soit par mail, soit via un formulaire de contact. L’anonymat sera préservé si la personne le souhaite, sauf dans les cas où il existe des soupçons d’infractions sexuelles, qui seront soumis à dénonciation au ministère public », est-il indiqué sur le site internet de l’EERV. Pour Jean-François Meylan, ce dernier point est « une évidence » : « La structure n’a en effet pas les outils d’investigation du ministère public et risquerait de polluer d’éventuelles enquêtes en cherchant à les résoudre. » Seulement, répond Gabriella Loser Friedli, « si une victime sait qu’à l’issue de son entretien, on risque de déposer plainte contre sa volonté, où est la confiance ? » Une des victimes présumées l’a confié au Cri : « Seule, je ne porterai pas plainte. »
Une enquête nécessaire – Un mot de la rédaction
À quoi bon mener une enquête sur des abus présumés qui auraient été commis dans une faculté suisse il y a trente ans ? Quand, à notre connaissance, aucune plainte n’a été déposée en justice ? Et que la parole est difficile d’accès ? Inutile de le dire, ces questions nous ont beaucoup travaillés au Cri. Notre tâche de journalistes n’est pas de prendre parti ni de rendre justice, mais de tenter d’offrir une certaine transparence sur des questions que nous estimons d’intérêt général. Daniel Marguerat est une personnalité publique, reconnue dans le monde entier pour ses talents de vulgarisation et ses livres sur la vie de Jésus et de saint Paul. En juin prochain, il doit encore accompagner le voyage des lecteurs de La Croix et du Monde de la Bible en Grèce, organisé par l’agence Bipel. Dans le même temps, les soupçons d’abus qui pèsent sur ses années d’enseignement continuent de polluer l’Église réformée romande, et en particulier celle du canton de Vaud, qui peine à adopter une position claire vis-à-vis de son pasteur. « Quel signal ça donne aux victimes ? » s’indigne une observatrice auprès du Cri. Si de nombreux témoins ont tenu à rappeler que ces signalements sont intervenus « bien avant MeToo » quand « les sensibilités étaient différentes », il n’empêche qu’ils ont été émis dès la fin des années 1990. C’est pour ces raisons que la rédaction du Cri a choisi de lever l’omerta maintenue dans l’espace public autour de l’identité du professeur« connu pour ses ouvrages de vulgarisation ». Cela, bien que Daniel Marguerat, qui nous a accordé plus d’une heure d’entretien, nous ait demandé « instamment » de ne pas le mentionner.
